滴灌施肥時，先滴清水，等管道充滿水后開始施肥。施肥結束后立刻滴清水20~30分鐘，將管道中殘留的肥液全部排出（可用電導率儀監測是否徹底排出）。如不洗管，可能會在滴頭處生長青苔、藻類等低等植物或微生物，堵塞滴頭。
大棚或溫室長期用滴灌施肥，會造成地表鹽分累積，影響根系生長?？刹捎媚は碌喂嘁种汽}分向表層遷移。
注意施肥的均勻性滴灌施肥原則上施肥越慢越好。特別是對在土壤中移動性差的元素（如磷），延長施肥時間，可以極大地提高難移動養分的利用率。在旱季滴灌施肥，建議施肥時間2-3小時完成。在土壤不缺水的情況下，在保證均勻度的前提下，越快越好。
避免過量灌溉一般使根層深度保持濕潤即可，根層深度依不同作物差異很大，可以用鏟隨時挖開土壤了解根層的具體深度。過量灌溉不但浪費水，嚴重的是養分淋洗到根層以下，浪費肥料，作物減產。特別是尿素、硝態氮肥（如硝酸鉀、硝酸銨鈣、硝基磷肥及含有硝態氮的水溶性肥）極容易隨水流失。
灌溉水質了解灌溉水的硬度和酸堿度，避免產生沉淀，降低肥效。特別是對于鹽堿土壤地區，磷酸鈣鹽沉淀非常普遍，是堵塞滴頭的原因之一。同時磷酸鹽沉淀也是降低磷肥效果的重要原因。
與其它肥料的配合施用通常水溶肥料只做追肥。在推薦施肥時，應基肥與追肥結合，有機肥與無機肥結合，水溶肥與常規肥結合。不要強調水溶肥代替其它肥，要配合使用，降低成本，發揮各種肥料的優勢。
